在五届二次理事(扩大)会上，各工作委员会提出了2006年工作计划。拟经五届五次常务理事会讨论后，由秘书处协调日程再通过《会讯》和在学会网站上公布。这里先将工作要点刊出，供单位会员和科技期刊编辑同仁预知。
1） 筹备、组织参加由国际学术与出版者协会(ALPSP)在北京召开的国际科学编辑会议。
2） 不定期开展编辑沙龙活动，及时交流信息，活跃学术气氛。
3）设立编辑学研究基金，组织重点课题研究。
4）组织开展“期刊网上编辑、审稿与发布系统的比较研究”。
5）在沈阳举办第6届中国科技期刊青年编辑学术研讨会暨“中国科技期刊的发展战略与实践经验”论坛，主题为：科技期刊的现实与未来。
6）举办第4届全国核心期刊与期刊国际化网络化研讨会。
7）组织科普期刊专题研讨会。
8）在丽江举办第5届医学期刊编辑出版学术研讨会，主题是以“期刊质量、管理、效益”，选出侧重点，组织研讨。
9）在北京或周边地区举办专题报告会，主题为：国内外科技期刊比较研究。
10）在北京举办第6期中国科技期刊编辑手段现代化研修班。
11）举办第6期和第7期科技期刊主编岗位培训班。
12）举办第7期科技期刊英文编辑研修班。
13）继续举办医学编辑培训班。
14）举办科技汉语研修班。
15）完成《科学技术期刊编辑教程》的修订工作。
16）《核心期刊导引》修改后正式出版。
17）完成《医学论文写作与发表》一书的出版发行工作。
18）完成中国科技期刊编辑学会网站改版工作。
19）完善“医学期刊”“医学期刊编辑”2个数据库。
20）筹划科技期刊排行榜，包括专家委员会的组建，研讨排行榜的评审原则、工作程序及其宣传工作等。
21）做一些面对上层主管部门和各个编辑部的政策咨询工作，分类分层次组织几次编辑部代表研讨会，出台一两个有影响的研究报告。
22）进一步加强与国际科学编辑联合会的联系并积极开展与其他有关国际组织的交流活动。利用各种途径积极介绍有关国际会议，并促进组团参加。
23）促进国内科技期刊进入国际重要检索系统工作的进行。更进一步地把中国科技期刊介绍给国际重要检索系统。
24）加强与港澳台期刊界的联络，并进一步推动与亚洲地区期刊界的交流。
25）继续开展公益性科普宣传活动。一是组织成员单位参加科普宣传周(月)活动，其间举办形式活泼的科普期刊推介、赏读、座谈会；二是继续组织单位会员(优秀科普期刊社)向老少边穷地区捐赠科普期刊及图书。
26）联合中国科普期刊研究会，开展优秀科普期刊及优秀科普编辑评奖活动。
27）组织医学期刊审读工作，在此基础上组织优秀医学期刊评选或医学期刊优秀编辑评选。
28）《编辑学报》继续贯彻“加强理论，注重实用，标准规范，双效双爱”的办刊思路，
重点抓刊物的学术质量，重视科技期刊学研究，关注我国科技期刊深化改革与发展的理论和实际问题，组发一批既有理论意义又有实践指导价值的文章，不断扩大刊物在国内外的影响。争取通过若干年努力，将其办成名副其实的引领科技期刊学研究并在本学科范围内公认的权威性学术期刊。
29）工作重点仍是做好发展单位会员的工作。一是配合各工作委员会开展活动来宣传学会，发展会员；二是向科技期刊编辑部或杂志社提供更多的服务来吸引入会，发展会员。