2014年9月26日，中国科学技术信息研究所发布了《2014年版中国科技期刊引证报告（核心版）》，《生物工程学报》入选300种“第3届中国精品科技期刊”，为“中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”项目来源期刊。

《2014年中国科技期刊引证报告（核心版）》，涵盖了1989种中国科技核心期刊2013年的评价指标。通过对影响因子和总被引频次等指标进行综合评价，《生物工程学报》综合评分列生物工程类核心期刊第一名。